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生物信息学实践

  • 定价: ¥30
  • ISBN:9787511630162
  • 开 本:16开 平装
  • 作者:彭仁海//刘震//刘...
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  • 2017-04-01 第1版
  • 2017-04-01 第1次印刷
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导语

  

内容提要

  

    彭仁海、刘震、刘玉玲著的《生物信息学实践》介绍生物信息学平台搭建和常用基础软件的安装与运行,使读者能够配置自己的生物信息学分析环境;通过介绍计算机辅助药物设计和基因组重复序列分析等内容使读者熟悉生物信息学分析的一般策略。着重讲解生物信息学分析过程中常见问题的解决方法,在确保操作步骤完整的基础上尽量精简,力求帮助使读者在*短的时间内掌握知识和能胜任该方面工作。

目录

第一章  生物信息学分析基础工具与平台配置
  第一节  文本编辑器
    一、常用的文本编辑器
    二、UltraEdit
    三、Vi编辑器
  第二节  Linux系统基础
    一、软件安装
    二、PATH路径设置
    三、必备Linux命令
    四、Linux系统的输出重定向与管道
    五、中文版Linux改为英文版
    六、开启FTP服务
  第三节  生物信息学实验室局域网
    一、生物信息学局域网实例
    二、远程登录
  第四节  Windows系统下构建本地BLAST
    一、BLAST的下载安装
    二、Blast的使用
    三、实例讲解
  参考文献
第二章  生物信息数据库的使用与构建
  第一节  NCBI数据库资源
    NCBI数据库检索
  第二节  数据存储格式
    一、FASTA格式
    二、FASTQ格式
    三、Genebank格式
    四、EMBL格式
    五、采用XML实现生物数据库的整合
  第三节  的生物信息学数据库
  第四节  生物信息学数据库的构建方法
    一、Apache的安装与启动
    二、MySQL的安装与配置
    三、PHP的安装与配置
    四、不能安装的情况
    五、利用Windows Server搭建数据库服务器
  参考文献
第三章  基于蛋白质结构的计算机辅助药物设计
  第一节  蛋白质二级结构
    一、α螺旋
    二、β片层
    三、β转角
    四、蛋白质二级结构预测
  第二节  蛋白质结构数据库及其检索
    一、PDB数据库检索
    二、蛋白质结构数据的存储格式
    三、蛋白质结构可视化
  第三节  蛋白质结构的预测
    一、国际蛋白质结构预测技术评估大赛(CASP)
    二、利用SWISSMODEL预测蛋白质的三级结构
  第四节  分子对接工具Autodock
    一、Autodock程序的安装
    二、小分子的来源和处理
    三、大分子的处理
    四、两个参数文件(gpf和dpf)的设置
    五、结果的处理
  第五节  分子模拟原理与工具
    一、分子模拟的主要方法
    二、分子模拟常见工具
  第六节  分子动力学模拟工具Amber
    一、生成小分子模板
    二、处理蛋白质文件
    三、生成拓扑文件和坐标文件
    四、能量优化
    五、LEAP使用
    六、MD过程
    七、VMD的使用
    八、观看并保存图像的步骤
    九、RMS计算
    十、结果数据处理
  参考文献
第四章  转座子的生物信息学分析
  第一节  转座子的分类
    一、分类级别
    二、自主与非自主转座子
    三、转座子的命名
    四、转座子的生物信息学分析
    五、重复序列挖掘工具
  第二节  RepeatMasker和RepeatModeler
    一、RepeatMasker的安装
    二、RepeatModeler的安装
    三、RepeatMasker的操作
    四、RepeatMasker搜索的过程
    五、两个Perl程序
    六、联合多个重复序列数据库
    七、RepeatMasker的其他参数
    八、Out结果文件
    九、RepeatModeler的使用
  第三节  LTRharvest
  第四节  序列去冗余
  第五节  Circos绘图
    一、Circos的安装
    二、Circos的颜色
    三、图像分析
    四、核型文件
    五、ideogram标签
    六、连接
    七、图像输出
    八、直方图
    九、Highlights图
    十、容易出现的问题
  参考文献
第五章  生物信息学资源
  第一节  网络资源
    一、在线工具链接Expasy
    二、常用生物软件分类与下载
    三、生物信息学中文论坛
  第二节  期刊与机构
    一、生物信息学期刊
    二、生物信息学机构
  第三节  在线小工具
    一、开放阅读框查找工具ORF Finder
    二、绘制GO注释结果
    三、蛋白质组成和稳定性分析ProtParam
    四、启动子区预测工具Promoter
    五、序列logo
    六、蛋白质序列综合分析工具PredictProte
    七、信号肽
    八、比较分析图绘制工具VENNY
  第四节  生物信息学分析软件
    一、EMBOSS
    二、EMBOSS运行示例
    三、综合序列分析软件DNAstar
    四、分子生物学常用工具简介
  参考文献
第六章  分子进化
  第一节  分子进化基础
    一、构建进化树的算法
    二、进化树格式
    三、进化树的图形显示
    四、进化软件
  第二节  通过phylip构建进化树
    一、准备
    二、通过Clustal将Fasta格式的序列进行比对并保存为phy格式
    三、使用seqboot设置重复数量
    四、通过似然法计算进化树
    五、构建一致树
    六、图片制作
  参考文献
第七章  生物信息学编程基础
  第一节  Perl语言
    一、CPAN
    二、正则表达式
    三、Bioperl的安装
  第二节  统计语言
    一、R语言
    二、其他统计分析工具
  参考文献
附录一  生物信息学常用词汇表一
附录二  生物信息学常用词汇表二