由樊龙江主编的《生物信息学(高等院校农学与生物技术专业规划教材)》分为四篇。第一篇为生物信息学基础，包括8章，涵盖序列数据产生、分子数据库、序列联配算法、基因预测、系统发生树构建和蛋白质结构预测等，同时也涵盖了生物信息学计算机基础知识，包括操作系统、主要编程语言等。该篇主要目的是使初学者掌握生物信息学基本概念和主要方法。第二篇为高通量序列数据分析，主要针对目前第二和第三代测序技术产生的核苷酸序列数据的分析方法，主要涵盖基于高通量测序数据的基因组拼接、基因组变异、转录组、非编码RNA、甲基化和宏基因组等生物信息学分析原理和技术。第三篇为生物信息学外延与交叉，介绍了与生物信息学紧密相关的四个生物学学科：系统生物学、群体遗传学、数量遗传学和合成生物学。最后一篇为生物信息学资源与实践，主要罗列了生物信息学相关术语、专业词汇、数据库和公开软件等资源，并提供了8个生物信息学实验内容。上述第一和第四篇内容建议作为本科教学的基本内容，第二和第三篇可以作为研究生和生物信息学专业学生教学内容。
本书可供本科生、研究生、从事生物学及其相关专业领域(如医学、农学等)科研与开发人员阅读，可以作为生物信息学专业学生的入门教材和非生物信息学专业学生和科研工作者的基础教材。
樊龙江 浙江大学生物信息学研究所和作物科学研究所教授，生物信息学和作物遗传育种专业博士生导师。教育部“新世纪优秀人才支持计划”获得者，浙江省生物信息学学会副理事长，德国DAAD访问学者。自2000年起，直接参与浙江大学生物信息学学科筹建，为浙江大学第一批生物信息学专业导师。
绪论
第一节 生物信息与生物信息学
一、迅速增长的生物信息
二、生物信息学的概念
第二节 生物信息学简史与展望
一、生物信息学发展简史
二、生物信息学技术的应用
三、生物信息学学科展望
第三节 本书的组织与使用
*第一篇 生物信息学基础
第1-1章 生物信息类型及其产生途径
第一节 生物信息的类型
第二节 DNA测序技术
一、第一代测序技术
二、第二代测序技术
三、第三代测序技术
第三节 高通量测序技术的应用
一、DNA／RNA相关测序
二、蛋白质一DNA／RNA互作测序
三、甲基化／宏基因组测序
第四节 蛋白质序列及其结构测定
一、蛋白质序列与蛋白质互作测定
二、蛋白质结构测定
第1-2章 分子数据库
第一节 分子数据库概述
一、分子数据库概念
二、数据库记录格式
三、数据库冗余、序列递交和检索
第二节 核苷酸及其相关数据库
一、DNA／RNA序列数据库
二、基因组数据库
三、非编码RNA数据库
第三节 蛋白质及其相关数据库
第四节 代谢途径等专业数据库
一、代谢途径数据库
二、代谢组学数据库和表型数据库
第1-3章 两条序列联配算法及序列搜索
第一节 序列联配基本概念
第二节计分矩阵
一、计分矩阵的一般原理
二、氨基酸替换矩阵
三、位置特异性计分矩阵(PSSM)
第三节 两条序列联配算法
一、Needleman-Wunsch算法
二、Smith-WaterTnan算法
第四节 BLAST算法及数据库搜索
一、BLAST算法
二、利用BLAST 进行数据库序列搜索
三、序列相似性的统计推断
第1-4章 多条序列联配算法及功能域分析
第一节 多序列联配概念及其算法
一、多序列联配概念
二、多序列全局联配算法
三、多序列局部联配算法
第二节 蛋白质序列功能域分析与模型
一、功能域概念
二、功能域模型
第三节 熵与信息量
一、不确定性与信息量
二、信息熵的应用
第1-5章 基因预测与功能注释
第一节 基因组序列构成与基因预测
一、基因组序列的基本构成
二、基因预测及其基本方法
……
第1-6章 系统发生树构建
第1-7章 蛋白质结构预测与药物设计
第1-8章 生物信息学计算机基础
*第二篇 高通量测序数据分析
第2-1章 基因组拼接与分析
第2-2章 基因组变异与分析
第2-3章 转录组分析
第2-4章 非编码RNA分析
第2-5章 甲基化与组蛋白修饰分析
第2-6章 宏基因组分析
第2-7章 蛋白质组分析
*第三篇 生物信息学外延与交叉
第3一1章 系统生物学
第3-2章 群体遗传学
第3-3章 数量遗传学
第3-4章 合成生物学
*第四篇 生物信息学资源与实践
第4-1章 生物信息学常用代码和关键词
第4-2章 生物信息学数据库和在线分析工具
第4-3章 生物信息学实验
第4-4章 生物信息学常用英文术语及释义
参考文献
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