导语

  

内容提要

  

    王忻琨著的《新一代测序数据分析》是一部介绍有关新一代测序(NGS)数据分析方法的著作。书中全面系统地介绍了新一代测序技术的生物学意义、测序原理、分析过程和应用领域等；详细介绍了新一代测序数据的分析方法，包括其在基因组从头测序和重测序、转录组测序、小RNA测序、ChIP测序、表观基因组测序及宏基因组测序等应用中的具体分析方法，对读者学习新一代测序技术、促进该技术在生命科学各个领域中的应用有着重要意义。
    本书可以作为具有生物学、遗传学、基因组学与生物信息学、农学等生命科学背景的高等学校师生和科研院所研究人员学习新一代测序技术原理及进行测序数据分析的参考书，也可供各大医院和医学院对于精准医学感兴趣的专业人士和其他生命科学从业者参考。

第一部分  细胞与分子生物学概论
  1  细胞系统与生命密码
    1.1  细胞面临的挑战
    1.2  细胞如何面对挑战
    1.3  细胞内的各种分子
    1.4  细胞内结构与空间
      1.4.1  细胞核
      1.4.2  细胞膜
      1.4.3  细胞质
      1.4.4  内体、溶酶体和过氧化物酶体
      1.4.5  核糖体
      1.4.6  内质网
      1.4.7  高尔基体
      1.4.8  细胞骨架
      1.4.9  线粒体
      1.4.10  叶绿体
    1.5  细胞是一个系统
      1.5.1  细胞系统
      1.5.2  细胞的系统生物学
      1.5.3  如何研究细胞系统
  2  DNA序列：基因组基础
    2.1  DNA双螺旋和碱基序列
    2.2  DNA分子如何复制和保持稳定性
    2.3  DNA中保存的遗传信息如何转化为蛋白质
    2.4  基因组概览
      2.4.1  最小基因组
      2.4.2  基因组大小
      2.4.3  基因组中的蛋白质编码区
      2.4.4  基因组非编码区
    2.5  DNA包装、序列访问和DNA-蛋白质互作
      2.5.1  DNA包装
      2.5.2  序列访问
      2.5.3  DNA-蛋白质互作
    2.6  DNA序列的突变与多样性
    2.7  基因组演化
    2.8  表观基因组与DNA甲基化
    2.9  基因组测序与疾病风险
      2.9.1  孟德尔(单基因)疾病
      2.9.2  多基因控制的复杂疾病
      2.9.3  基因组不稳定导致的疾病
      2.9.4  表观基因组／表观遗传疾病
  3  RNA：转录后的序列
    3.1  RNA作为信使
    3.2  RNA的分子结构
    3.3  mRNA的产生、加工与周转
      3.3.1  DNA模板
      3.3.2  原核生物基因的转录
      3.3.3  真核生物基因pre-mRNA的初始转录
      3.3.4  从mRNA前体到成熟的mRNA
      3.3.5  运输与定位
      3.3.6  稳定性与降解
      3.3.7  mRNA转录水平上调控的主要步骤
    3.4  RNA不仅仅是信使
      3.4.1  核酶
      3.4.2  核小RNA和核仁小RNA
      3.4.3  端粒复制中的RNA
      3.4.4  RNAi和非编码小RNA
      3.4.5  长非编码RNA
      3.4.6  其他非编码RNA
    3.5  细胞转录组学研究概览
第二部分  新一代测序技术及数据分析概论
第三部分  新一代测序数据分析的具体应用
第四部分  发展中的新一代测序技术与数据分析
参考文献
附录A  新一代测序数据分析常用文件格式
附录B  词汇表