导语

  

内容提要

  

    刘伟主编的《生物信息学基础》是根据作者多年从事生物信息教学和研究的经验积累并结合国外最新专著编写而成的，详细介绍了生物信息学的核心内容和基础知识，并对生物信息学快速发展的新技术进行了较完整描述。第1章介绍了生物信息学的产生背景和发展过程及研究趋势。第2章对主要核酸和蛋白质数据库进行了描述，详细介绍了基因组数据的浏览方式。第3章介绍了双序列比对的意义、比对打分矩阵和比对算法。第4章介绍了基本局域比对搜索工具的实现步骤、算法和策略。第5章集中介绍了比较独特的比对搜索方法。第6章，多序列比对。本书适合生命科学等专业本科生和研究生进行生物信息学课程的学习。

第1章 概论
  1.1 内容组织
  1.2 生物信息学：大图景
  1.3 对学生和教师的建议：练习、发现基因和描述基因组
  1.4 生物信息学软件：两种文化
  1.5 生物信息学和其他信息学学科
第2章 序列数据检索
  2.1 存储DNA序列的集成式数据库
  2.2 DNA、RNA和蛋白质数据库的内容
  2.3 生物信息资源中心：NCBI和EBI
  2.4 信息获取：通过检索号来标记并识别序列
  2.5 通过NCBI基因资源获取信息
  2.6 命令行访问NCBI数据
  2.7 信息获取：基因组浏览器
  2.8 访问序列数据实例：单个基因／蛋白
  2.9 如何访问数据集：区域和特征的大范围查询
  2.1 0查阅生物医学文献
第3章 双序列比对
  3.1 引言
  3.2 评分矩阵
  3.3 比对算法：全局和局部
  3.4 双序列比对的统计意义
  3.5 展望
  3.6 误区
第4章 基本局部比对搜索工具
  4.1 BLAsT搜索步骤
  4.2 BLAsT算法使用局部比对搜索
  4.3 BLAST搜索的策略
  4.4 用BLAsT搜索发现基因：查找基因
  4.5 展望
  4.6 误区
第5章 高级数据库搜索
  5.1 特异BLAST网站
  5.2 获得远缘相关蛋白的PSI—BLAST和DELTA—BLAST
  5.3 分布型研究：隐马尔可夫模型
  5.4 类BLAsT匹配工具快速搜索基因组DNA
  5.5 把二代测序读段序列匹配到参照基因组上
  5.6 误区
第6章 多序列比对
  6.1 简介
  6.2 五种主要的多序列比对方法
  6.3 基准研究：方法、发现和挑战
  6.4 多序列比对数据库
  6.5 基因组区域的多序列比对
  6.6 展望
  6.7 误区
第7章 分子系统发育及进化
  7.1 分子水平的进化
  7.2 分子系统发育与进化原理
  7.3 分子系统发育：树的性质
  7.4 树的类型
  7.5 系统发育分析的五个步骤
第8章 真核生物染色体
  8.1 真核生物与细菌和古细菌的主要差异
  8.2 真核生物基因组和染色体的主要特征
  8.3 真核生物染色体中的重复DNA
  8.4 真核染色体中的基因
  8.5 真核生物染色体的调控区域
  8.6 真核生物DNA和染色体DNA变异的比较
  8.7 检测染色体改变的技术
  8.8 展望
第9章 第二代测序数据分析
  9.1 DNA测序技术
  9.2 第二代测序技术的基因组DNA数据分析
  9.3 第二代测序的具体应用
  9.4 展望与误区
第10章 核糖核酸(RNA)的生物信息学方法
  10.1 非编码RNA
  10.2 信使RNA简介
  10.3 微阵列和RNA的序列：基因表达的全基因组测序
  10.4 RNA数据分析的解释
  10.5 展望与误区
第11章 基于芯片和RNA—seq技术的基因表达数据分析
  11.1 基因芯片分析方法：基于NCBI的GE02R工具
  11.2 芯片分析方法2：PARTEK
  11.3 芯片数据分析方法3：用R语言分析GEO数据
  11.4 基因芯片数据分析：描述性统计
  11.5 RNA—Seq数据分析
  11.6 芯片数据功能注释
  11.7 展望
第12章 蛋白分析和蛋白组学
  12.1 蛋白质数据库
  12.2 蛋白质鉴定技术
  12.3 蛋白质的四大方面
第13章 蛋白质结构
  13.1 蛋白质结构原理
  13.2 蛋白质数据库
  13.3 蛋白质结构预测
  13.4 固有无序蛋白
  13.5 蛋白质结构和疾病
第14章 功能基因组学
  14.1 定义
  14.2 功能基因组学的八种模式生物
  14.3 功能基因组使用正向与反向遗传学
  14.4 功能基因组学与中心法则
  14.5 蛋白质组学方法研究功能基因组学
  14.6 展望
  14.7 误区