导语

  

内容提要

  

    本书为“精准医学出版工程·精准预防诊断系列”图书之一。人类对传染病的认识和对传染病的防控能力经历了从模糊到清晰的过程。随着基因组学等多种组学、信息化、大数据、学习和分析方法的高度发展，人类对传染病诊断、预防、控制方面的认知更为深刻，技术更为精准。传染病的精准预防，实际上是通过利用组学、大数据和分析创新技术，取得更深刻和精准的传染病防控能力。本书介绍精准医学理念在传染病预防方面的发展和应用，重点在传染病的分子诊断、病原体基因组学的传染病防控应用、流行病学大数据挖掘利用、精准疫苗预防等方面，介绍基因组学、流行病学大数据的处理方法和应用，将患者、健康人、疾病、病原体、暴发、传播事件均作为个体，利用大数据深刻认识、区分个体和服务于个性化处置，实现对传染病控制和预防的精准化。本书适合从事预防医学、临床医学的科研与临床人员阅读，也适合高等医学公共卫生、临床医学和广大社区医学工作者阅读。

    阚飙，中国预防医学科学院（现中国疾病预防控制中心）病原生物学专业医学博士，现任中国疾病预防控制中心传染病预防控制所副所长、腹泻病室主任，研究员、博士生导师。长期从事病原生物学和传染病防控技术研究，主要负责细菌性传染病分子分型实验室监测网络、传染病监测防控相关技术研究，疫情及灾害现场应急等方面工作。2002年在德国马普感染生物学研究所做访问学者。主持国家科技重大专项、973计划项目、国家自然科学基金重点项目、863计划项目等多项国家级课题。作为主要完成人获省部级科技进步二等奖4项，获“新世纪百千万人才工程”国家级人选、第十届中国青年科技奖、中华预防医学会“公共卫生与预防医学发展贡献奖”、中国科协第七届“全国优秀科技工作者”、全国卫生系统“青年岗位能手”等多项荣誉。带领科室获中央国家机关“五一”劳动奖章。兼任中华预防医学会旅行卫生专业委员会主任委员、中国微生物学会分析微生物学专业委员会副主任委员、国家卫生健康委员会疾病预防控制专家委员会传染病防治分委会委员、国家卫生健康委员会传染病标准专业委员会委员等职务。在国际期刊发表论文100余篇。获国家发明专利2项。

1  传染病防控与精准医学
  1.1  人类对传染病及其感染病原体的认识从模糊到
  精确
  1.2  感染中的病原体确认
    1.2.1  判断感染病因
    1.2.2  条件致病微生物带来的困惑
    1.2.3  在微生物组的环境下判断病原体
    1.2.4  病原体的诊断标志筛选
    1.2.5  对病原体的认知进入基因组时代
  1.3  传染病暴发疫情需要精准的识别和控制
    1.3.1  病原体分子分型和基因组分析——精准判别
  同种病原体中的不同株
    1.3.2  自不同病例发现相同分子分型特征的病原
  体——提示可能存在暴发
    1.3.3  精准的病例定义一一增加病例-对照调查中
  危险因素识别的精准性
  1.4  流行病学大数据分析发现传播规律
    1.4.1  传染病信息进入大数据时代
    1.4.2  传染病发生和传播数据的收集和分析
  1.5  疫苗接种群体免疫中的个体化
  1.6  小结
  参考文献
2  传染病的分子诊断—提高诊断的精准性
  2.1  多重病原体高通量核酸检测技术
    2.1.1  多重PCR技术
    2.1.2  再测序芯片技术
  2.2  下一代测序技术
    2.2.1  短读长的下一代测序
    2.2.2  长读长的下一代测序
    2.2.3  下一代测序技术的应用
  2.3  小结
  参考文献
3  病原体基因组学——对病原体的深入认识
  3.1  病原微生物基因组学
    3.1.1  细菌基因组学的发展历史
    3.1.2  细菌基因组学技术
    3.1.3  细菌基因组学数据库
  3.2  微生物基因组的分类学
    3.2.1  分类学发展史
    3.2.2  常用基因组分类学方法
  3.3  分子血清学分型
    3.3.1  传统的细菌血清学分型
    3.3.2  分子生物学技术
    3.3.3  细菌表面多糖抗原的高度多样性
    3.3.4  基因水平的遗传学多样性
    3.3.5  分子血清学分型技术体系的建立
    3.3.6  分子血清学分型技术的发展前景
  3.4  基于基因组分析耐药
    3.4.1  细菌耐药组的定义
    3.4.2  细菌耐药组的分类
    3.4.3  细菌耐药组的研究手段
    3.4.4  环境、动物及人体细菌耐药组
    3.4.5  细菌耐药组研究展望
  3.5  小结
  参考文献
4  病原体基因组流行病学—一传染病监测精准化
  4.1  病原体基因组流行病学分析应用
    4.1.1  在传染病监测和暴发调查中应用细菌基因组测序的方法和
  策略
    4.1.2  利用病原体基因组序列信息识别暴发
    4.1.3  追踪病原体的传播
    4.1.4  发现新的传播模式和途径
    4.1.5  鉴别新的克隆群
    4.1.6  在区域和全球监测网络中利用微生物基因组监测传染病
  4.2  病原体分子分型方法
    4.2.1  病原体分子分型方法的评价指标
    4.2.2  病原体分子分型技术
  4.3  病原体分子分型和基因组学监测应用
    4.3.1  鼠疫耶尔森菌
    4.3.2  霍乱弧菌
    4.3.3  沙门菌
    4.3.4  致泻性大肠埃希菌
    4.3.5  志贺菌
    4.3.6  小肠结肠炎耶尔森菌与假结核耶尔森菌
    4.3.7  单增李斯特菌
    4.3.8  空肠弯曲菌
    4.3.9  金黄色葡萄球菌
    4.3.10  猪链球菌
    4.3.11  脑膜炎奈瑟菌
    4.3.12  军团菌
    4.3.13  肺炎克雷伯菌
    4.3.14  布鲁菌
    4.3.15  伯氏疏螺旋体
    4.3.16  炭疽杆菌
    4.3.17  乙型肝炎病毒
  4.4  基因组流行病分析技术发展趋势和展望
  参考文献
5  传染病大数据——流行病学监测预警分析应用
  5.1  大数据定义与特征
    5.1.1  大数据定义
    5.1.2  大数据特征
    5.1.3  传染病大数据存储方法和技术
    5.1.4  传染病大数据分析技术
    5.1.5  传染病大数据预处理技术
    5.1.6  传染病数据挖掘技术
    5.1.7  传染病热点发现
    5.1.8  传染病可视化分析
  5.2  基于大数据的传染病预测预警技术
    5.2.1  传染病预警的定义
    5.2.2  传染病预警的必要性
    5.2.3  传染病预警技术的应用
  5.3  基于不同数据源的传染病大数据监测预警系统
    5.3.1  基于网络大数据的传染病监测预警系统
    5.3.2  基于社会因素和自然环境因素大数据分析的传染病监测预警
  系统
    5.3.3  基于医疗大数据的传染病监测预警系统
    5.3.4  基于病原体监测大数据的传染病监测预警系统
  5.4  基于多元大数据的传染病预测预警系统
    5.4.1  结合搜索、社交媒体和传统监测等多元大数据提升流感
  监测
    5.4.2  基于传统疾病监测与搜索、社交媒体和新闻报道等多元大数据
  预测
  5.5  未来发展趋势
    5.5.1  传染病多元大数据的采集和融合技术发展
    5.5.2  基于大数据的传染病预测预警新处理技术研发
    5.5.3  基于大数据的传染病预测预警新模型研究
    5.5.4  基于大数据的传染病预警指标体系的建立和完善
  参考文献
6  疫苗免疫策略制定—精准医学的实践
  6.1  疫苗精准免疫的概念
  6.2  疫苗精准免疫的基本原则
    6.2.1  基于疫苗特点实现精准免疫
    6.2.2  基于接种个体特征实现精准免疫
  6.3  影响疫苗免疫效果的因素
    6.3.1  年龄对疫苗免疫应答的影响
    6.3.2  性别对疫苗免疫应答的影响
    6.3.3  遗传因素对疫苗免疫应答的影响
    6.3.4  免疫状况对疫苗免疫应答的影响
    6.3.5  共栖菌群对疫苗免疫应答的影响
    6.3.6  接种途径对疫苗免疫应答的影响
    6.3.7  影响特定生理状态人群免疫应答的因素
  6.4  疫苗不良反应的发生及影响因素
    6.4.1  疫苗接种后的严重不良反应
    6.4.2  疫苗接种后不良反应发生的原因及机体内部影响因素
    6.4.3  疫苗严重不良反应的发生机制
    6.4.4  系统生物学研究方法在疫苗安全性研究中的应用
  6.5  各种疫苗的精准接种推荐意见
    6.5.1  我国免疫接种推荐指南
    6.5.2  美国免疫接种推荐指南
  6.6  影响精准接种的因素
    6.6.1  影响精准接种的社会学因素
    6.6.2  影响精准接种的技术因素
  6.7  小结
  参考文献
7  传染病防控中非药物干预的优化和精准化
  7.1  传染病非药物干预措施
    7.1.1  社会疏远
    7.1.2  检疫
    7.1.3  个人卫生与防护措施
    7.1.4  消毒
    7.1.5  干预措施的局限性
    7.1.6  优化促进干预措施的效果
  7.2  小结
  参考文献
索引