导语

  

内容提要

  

    本书从实用的角度出发，介绍如何解析蛋白质晶体结构。本书贴近实际操作，避免介绍复杂的理论概念，易于具有生物科学背景的研究者理解。全书分为6章，主要内容包括蛋白质结晶的方法、蛋白质晶体衍射数据收集、蛋白质晶体结构解析软件的安装和使用、蛋白质晶体结构文件提交到PDB的步骤及使用软件呈现蛋白质晶体结构的方法。本书适用于蛋白质晶体结构研究领域的初学者和具备一定实验经验的研究者。

第一章  蛋白质结晶前准备
  第一节  目的蛋白质信息检索与调查
  第二节  质粒制备
  第三节  蛋白质纯化
  第四节  蛋白质不表达和包涵体问题
  第五节  蛋白质活性鉴定
  第六节  蛋白质结晶前分析
第二章  蛋白质结晶与衍射数据收集
  第一节  蛋白质结晶
  第二节  蛋白质晶体衍射数据收集
第三章  蛋白质晶体结构解析软件安装
  第一节  Linux系统安装
  第二节  蛋白质晶体结构解析软件安装
第四章  Index、integrate与scale
  第一节  一些晶体结构学知识
  第二节  蛋白质晶体结构解析流程
  第三节  Index和integrate
  第四节  Scale
  第五节  使用XSCALE功能进行scale
  第六节  使用HKL2000进行index、integrate和scale
第五章  分子置换、构建优化与结构提交
  第一节  分子置换
  第二节  蛋白质晶体结构构建
  第三节  蛋白质晶体结构优化
  第四节  蛋白质晶体结构验证
  第五节  蛋白质晶体结构提交到PDB
第六章  蛋白质晶体结构展示
  第一节  pdb格式文件简介
  第二节  PyMOL制作蛋白质晶体结构图
  第三节  使用PyMOL制作蛋白质配体结合位点的信息
  第四节  使用PyMOL调查蛋白质的温度因子B-factors
  第五节  使用PyMOL重叠对比不同的蛋白质晶体结构
  第六节  使用PyMOL显示蛋白质晶体结构中配体的电子密度图
  第七节  PyMOL结合Chimera实现同时显示非对称单元的蛋白质分子
参考文献