导语

  

内容提要

  

    Benjamin M Neale、Manuel AR Ferreira、Sarah E Medland、Danielle Posthuma主编，尹先勇主译的《遗传统计学(基于连锁和关联分析的基因定位)》将遗传学的基础理论、数理统计学的基本方法和遗传学前沿研究结合起来，结构编排科学，主要包括：遗传学基础理论；数理统计学基础理论；基因连锁分析的基础理论、常用分析方法及其统计模型基础、常用分析程序；基因关联分析的基础理论、数理分析方法及其统计模型基础、常用分析程序。

第—篇  基础知识
  第1章  引言
  第2章  DNA和基因分型的基础
    2.1  DNA结构
    2.2  DNA重组和遗传距离
    2.3  基因型分析
    2.4  基因分型技术
    2.5  小结
  第3章  群体遗传学简介
    3.1  历史背景
    3.2  孟德尔遗传定律
    3.3  随机婚配
    3.4  多基因遗传
    3.5  亲缘关系和遗传共享
    3.6  单基因位点的Fisher模型
    3.7  多位点和环境效应的Fisher模型
    3.8  小结
  第4章  统计学基础
    4.1  简介
    4.2  描述性统计量
    4.3  统计推断
    4.4  线性回归
    4.5  似然
    4.6  混合分布
    4.7  小结
  第5章  统计把握度
    5.1  正确(不正确)决策的概率
    5.2  最大似然估计
    5.3  小结
    5.4  示例
    5.5  最小二乘估计
    5.6  充分统计量
    5.7  小结与局限性
  第6章  群体遗传学及其在基因定位中的作用
    6.1  简介
    6.2  哈迪-温伯格平衡
    6.3  遗传漂变和近亲交配
    6.4  连锁不平衡
    6.5  小结
第二篇  连锁分析
  第7章  连锁分析原则
    7.1  基因定位
    7.2  模型依赖的连锁分析
    7.3  非模型依赖的连锁分析
    7.4  经验估计全基因组连锁显著性
    7.5  小结
  第8章  IBD估计算法
    8.1  简介
    8.2  计算问题：处理未知相型
    8.3  家系数据分析
    8.4  举例
  第9章  用于连锁分析的回归法
    9.1  简介
    9.2  Haseman-Elston算法
    9.3  Haseman-Elston算法拓展
    9.4  基于回归的全谱系连锁
    9.5  模拟研究
    9.6  使用MERLIN回归的几个实例
    9.7  小结
  第10章  数量性状的方差成分连锁分析
    10.1  简介
    10.2  方差成分连锁模型
    10.3  用MERLIN进行方差成分连锁分析
    10.4  结构方程建模软件包中的方差成分连锁分析
    10.5  小结
  第11章  单变量连锁分析的扩展
    11.1  亲源效应
    11.2  基因型-环境相互作用
    11.3  X染色体连锁
    11.4  单因素连锁分析扩展的实施
  第12章  同胞对中多元数据的数量性状位点检测
    12.1  简介
    12.2  多变量分析在人类遗传学／双胞胎研究的简史
    12.3  特征选择
    12.4  多元方差成分连锁分析
    12.5  多元QTL分析：实践问题
    12.6  小结
  第13章  连锁分析中影响第一类错误和统计把握度的因素
    13.1  选择性抽样
    13.2  样本量大小
    13.3  性状分布偏差
    13.4  异常值
    13.5  家系误差
    13.6  基因分型错误
    13.7  标记位点的信息性、密度和遗传图谱
    13.8  质量控制准则
第三篇  关联研究
  第14章  关联研究概述
    14.1  简介
    14.2  关联研究中的方法
    14.3  关联研究中的概念
    14.4  国际人类基因组单倍型图计划
    14.5  关联研究的把握度
    14.6  关联分析的应用
    14.7  小结
  第15章  单基因座位关联模式
    15.1  简介
    15.2  基于随机样本的关联分析
    15.3  病例-对照研究
    15.4  以家系为基础的关联研究
    15.5  小结
  第16章  全基因组关联研究数据分析：PLINK使用手册
    16.1  简介
    16.2  GWAS
    16.3  GWAS SNP基因分型及数据处理
    16.4  分析前的GWAS数据准备
    16.5  GWAS数据分析概论
    16.6  质量控制
    16.7  拷贝数变异
    16.8  肌萎缩侧索硬化症病例-对照GWAS数据的描述性分析
    16.9  GWAS数据的关联分析
    16.10  PLINK的附加功能
    16.11  未来发展方向
    16.12  小结
  第17章  单倍型分析
    17.1  简介
    17.2  人群基础的单倍型重建
    17.3  基于家系的单倍型构建
    17.4  利用单倍型定位疾病基因
    17.5  小结
  第18章  区域性多位点关联模型
    18.1  简介及基本方法
    18.2  已定相与未定相
    18.3  多位点检验的使用
    18.4  WHAP分析
    18.5  小结
  第19章  连锁不平衡与遗传标记
    19.1  连锁不平衡相关统计量
    19.2  基因组的区块样特性
    19.3  遗传标记
    19.4  群体变异
    19.5  复等位基因标记
    19.6  小结
  第20章  Haploview连锁不平衡分析和标签的应用指南
    20.1  简介
    20.2  数据检查
    20.3  连锁不平衡分析
    20.4  标签分析
    20.5  在Haploview中查看PLINK结果
    20.6  其他的考虑和程序
    20.7  小结
  第21章  影响关联分析把握度和第一类错误的因素
    21.1  简介
    21.2  检测关联性把握度的影响因素
    21.3  人群分层
    21.4  基因分型错误
    21.5  全基因组关联分析
    21.6  发现关联性的计算把握度
    21.7  小结
  第22章  统计推断的重抽样方法
    22.1  简介
    22.2  自助法估计
    22.3  置换检验
  附录  文件格式
    A1.1  概述
    A1.2  MERLIN／MERLIN-Regress／Pedstats／Minx／QTDT／GRR
    A1.3  WHAP
    A1.4  Haploview
    A1.5  PLINK
    A1.6  DOS与Unix／Linux下运行程序的比较
网络资源
索引